Le organizzazioni attualmente attive in Giappone si richiamano a codici cavallereschi, cerimoniali di carattere religioso (Shintoista) e simbologie che rispecchiano la continuità con il passato di tradizione feudale.
Tipico esempio è rappresentato dal rito di affiliazione di un nuovo adepto che si sostanzia in una cerimonia di iniziazione in cui lo oyabun (padre) porge una tazza di sake (bevanda alcolica) al kobun (figlio) che viene poi presentato ai partecipanti da un torimochinin (mediatore).
Così il torimochinin ammonisce circa i solenni doveri del kobun: "Finchè tu tieni questa tazza, dovrai essere leale alla ikka e servire il tuo oyabun con pietà filiale. Anche se tua moglie e i tuoi figli muoiono di fame, tu devi lavorare per l’oyabun e per la ikka a rischio della tua vita. Il tuo dovere è ora di vivere con questa parentela per tutta la vita. Considera il tuo oyabun come il tuo padreterno. Non temere l’acqua o il fuoco e offriti spontaneamente per assumere ogni compito difficile». L’eventuale inosservanza al voto di fedeltà o le infrazioni del codice etico della "ikka" sono punite con pene che vanno dalla sospensione temporanea all’espulsione dalla famiglia per arrivare anche, in casi estremi, alla morte dell’affiliato.
La mancanza della falange e i tatuaggi sul corpo raffiguranti samurai, serpenti e draghi, sono un segno inconfondibile di appartenenza alla Yakuza, anche se oggi sono sempre meno comuni, mentre rimane in voga il citato rito di iniziazione.

La Yakuza è attualmente suddivisa in circa 3.500 gruppi, ognuno dei quali, composto in media da trenta, quaranta membri, è indipendente dagli altri; non esiste, infatti, una "cupola" nel senso occidentale del termine, ma ogni clan ha un suo leader che controlla un territorio specifico la cui estensione rispecchia l’egemonia della famiglia e il potere del boss. Nella scala gerarchica i ranghi inferiori, legati tra loro da vincoli di tipo orizzontale, gestiscono materialmente le attività illecite, mentre i capi, vere e proprie autorità con funzioni di supremo arbitraggio, si astengono da ogni ingerenza nei traffici delittuosi. Il loro elevato standard di vita viene assicurato dai versamenti in denaro da parte dei singoli membri del gruppo. Questi, infatti, cedono regolarmente gli introiti, derivanti dai delitti, alla "ikka" di appartenenza e, per converso, ricevono dallo "oyabun", in caso di cattura e detenzione, sostegno per le spese legali e per il sostentamento dei propri famigliari.
Ultimamente è stata sperimentata un’altra forma aggregativa di tipo federativo che prevede l’alleanza tra diversi gruppi e famiglie. Il capo di ciascuna famiglia inserita nella struttura federativa si pone sullo stesso livello degli altri capi famiglia con cui concorre nel prendere le decisioni più importanti, conservando in questo modo notevole autonomia e prestigio personale.
In ogni caso, peculiarità comune ai vari gruppi della mafia nipponica è rappresentata dallo stretto legame con la cultura e la società giapponese per cui possono entrare a far parte dell’organizzazione solo elementi criminali della medesima etnia del gruppo, fatta eccezione per i livelli più bassi dove è possibile trovare "soldati" appartenenti alle minoranze coreane oppure agli emarginati per motivi religiosi o culturali.

Le principali attività nelle quali è coinvolta la Yakuza sono: il traffico di stupefacenti, il gioco d’azzardo, le scommesse clandestine, lo sfruttamento della prostituzione (ai quali si collega la pornografia) e le estorsioni su tutto il territorio giapponese.
Oltre alle attività sin qui elencate, la criminalità nipponica si è distinta per il graduale inserimento nell’economia legale con una massiccia penetrazione di elementi criminali nei mercati finanziari e nelle grandi multinazionali giapponesi.

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